A múzeum a Valovaya utcán, a Raduni-csatorna közelében jelenik meg - az óváros festői és zsúfolatlan sarkában. Ez a hely rendkívül jelentős mind a lengyel, mind az európai történelem szempontjából. A háború előtti időszak közelében, amikor Gdansk a "Danzig szabad város" nevet viselte, és semleges terület volt a Népszövetség ellenőrzése alatt, ott van a lengyel posta. A háborúk közötti időszakban a városon belüli két lengyel állami intézmény egyike volt (a második a Westerplatte-félszigeten található katonai tranzitraktár volt). Ezért 1939. szeptember 1-jén, a második világháború első napján a posta a náci csapatok egyik fő céljává vált, és a postai alkalmazottak hősi ellenállása ellenére (némelyikük csatában vagy később halt meg sebekben halt meg, a többit a nácik kivégezték), elfogták őket. Most az épület a postahivatallal együtt múzeumnak ad otthont, a közeli tér pedig a lengyel posta védelmezőinek nevét viseli. A második világháború múzeuma, amelyet a tervek szerint 2014-ben, a kezdet 75. évfordulójának évében nyitnak meg, kiegészíti ezt az emlékhelyet.
A múzeum melyik projektjét érdemes megvalósítani, a zsűri elnöke, Gdansk alpolgármestere, Wieslaw Bielawski, Grzegorz Bucek lengyel építészek, Wieslaw Chabanski és Wieslaw Gruszkowski, a nemzetközi építész közösség képviselői, Daniel Libeskind, Hans döntöttek. Stiman és George Ferguson, valamint Wojciech Duda történész, a londoni Museum brit lengyel származású igazgatója, Jack Lohman és Andrzej Pongowski tervező. A zsűri tagjai összesen 240 projektet tekintettek át 33 országból.
A díjakat hét résztvevő kapta, akik 200 ezer eurós nyereményalapot osztottak meg. Három fődíjat vehetett át a Kwadrat iroda (a projekt megvalósításra kerül), a Piotr Płaskowicki & partnerzy lengyel műhely és a görög Betaplan építész. Szintén bolgár, török és két lengyel iroda kapott pénzjutalmat.
2010 tavaszán a leendő múzeum hivatalos honlapján Donald Tusk felhívást intézett a versenyző építészekhez. A lengyel miniszterelnök azt javasolta, hogy "a múzeum koncepciója és továbbfejlesztése nagyban függ az építészeti formától". Így is történt: Jacek Droszcznak, a Kwadrat stúdió vezetőjének valóban sikerült részben meghatároznia munkájában a múzeum kiállításának döntését. A Gazeta Wyborcza Trojmiasto lengyel újságnak adott interjújában a múzeum változatának szimbolikájáról beszélt: a leendő látogatók megvizsgálják a kiállítást, kezdve a földalatti résztől („olyan, mint a háború által létrehozott pokol”) és egy torony, kilátással a megújult Gdansk város panorámájára. Az idő és a tér itt alapvető kategóriák. Az ijesztő időutazás egy börtönben kezdődik; a múzeum látogatója csak a talajszintre emelkedése után tér vissza a modernséghez. A kiállítás végén található torony a múltat és a jelent helyettesítő jövőt szimbolizálja.
A zsűri megjegyezte, hogy a Kwadrat stúdió által tervezett épület érezteti a látogatóval a háború borzalmát, ugyanakkor nem veszi el a jövő reményét. A szakértők szerint egy összetett témát helyesen közölnek. Az épület értékét sokoldalúsága növeli; így a múzeum tornya teljesen konstruktív találmány: csodálatos kilátó lesz belőle. A múzeum terét nem csak a múltról mesélve hozták létre, hanem ugyanolyan mértékben, hogy a modern Gdansk lakói és vendégei szabadidős helyévé váljanak.
Érdekes megjegyezni, hogy a múzeum építésének tényét kezdetben kétértelműen értékelték. Például a műemlékvédelem regionális képviselője, Marian Kwapiński aggodalmát fejezte ki a város történelmi övezetének védelme miatt, de egy sikeres projekt képes volt minden kétséget eloszlatni.
A második helyezett Piotr Plaskowicki & partnerzy építészei szerint múzeumuk inkább „anti-épület” volt. Projektjük szerint a csatorna partján egy masszív mélyvörös fal van, amelynek tetején éles fogak vannak, mellette egy párhuzamos oldalú pavilon áll kontrasztban vele. Ezt a két elemet fedett tér választja el egymástól - gyalogos sétány. Ez a projekt nem kevésbé szimbolikus, mint az első helyezett nyertese. A zsűri a történelmi korszakok áttekintését látta benne - katonai és modern, a pusztulás és az újjászületés történetét.
A Betaplan műhely ötlete több töredékre osztott téglalapon alapul. Új alakot alkottak, az eredeti téglalap egyes részeit véletlenszerű sorrendben, egymástól távol helyezve el. Ennek eredményeként a közös átfedéssel összekapcsolt épületek emelvényt alkotnak: a látogatók felmászhatnak rá. A görög Iroda Múzeumát a zsűri nagyra értékelte, mert szerzőinek sikerült „átéreznie” Gdanskit és sikeresen illeszteni az épületet a városképbe. De ez elégtelennek bizonyult, mivel ez a lehetőség csak városi méretet ért el, és a szervezők a leendő múzeumot valóban nemzeti, sőt egész Európára kiterjedő intézménnyé akarják tenni.
A Gazeta Wyborcza Trojmiasto szerint 2011. január 4-én határozatot fogadtak el a második világháborús múzeum projektjének finanszírozásáról. 358 millió zlotyt (mintegy 120 millió dollárt) költenek az építésére és rendezésére. Ma a múzeumot kiemelt fontosságú épületnek tekintik: ez azt jelenti, hogy a válság utáni nehéz idõszakban is kiemelt figyelmet kapnak, mivel a háborúnak szentelt múzeum továbbra is társul az akadályok bármiféle leküzdésével és az újjáéledéssel.
