A projekt még 2001-ben kezdődött: 1999-ben a Panama-csatorna feletti ellenőrzés átkerült az Egyesült Államoktól a panamai hatóságokhoz, és egyúttal felmerült a kérdés a szomszédos területek új felhasználásáról is. Az egyik szekciót - amelyet korábban az amerikai légibázis foglalt el - múzeumnak szánták. Az építkezés 2006-ban kezdődött, de a Biomuseo csak október elején nyílt meg a nyilvánosság előtt - bár még nem teljesen: több csarnok és egy akvárium csak 2016 telén készül el.
Színes alumínium tetejével a múzeumnak emlékeztetnie kell Panama élénk természetére, a helyi kunyhók fémtetőire és a csatorna infrastruktúrájának történelmi szerkezeteire. Az öbölbe kinyúló keskeny félszigeten található épület messziről látható, és maga is panorámás kilátást kínál látogatóinak a városra és a Panama-csatorna csendes-óceáni "szájára".
A múzeum építésének időtartamát, amelyet a helyiek "becenevén soha nem fognak elkészíteni", többek között a helyi építők alacsony képzettsége magyarázza. A padlók és a falak durva betonját sokszor újra kellett önteni, és a 6 mm tűrésű tető is sok nehézséget okozott.
Most azonban a múzeum nemcsak sikeresen épült, hanem szinte teljesen megtelik az "Az élet hídja" című kiállítással, amelyet Bruce Mau tervezett. A washingtoni Smithsonian Intézet volt felelős a projekt tudományos oldaláért, és a Biomuseo lett az egyetlen partnermúzeuma az Egyesült Államokon kívül.
A múzeum a Panama-szoros csodálatos természeti sokféleségének szenteli: 75 000 km2 területtel több madár-, emlős-, hüllő- és növényfajnak ad otthont, mint az Egyesült Államokban és Kanadában együttvéve. Ezen túlmenően a kiállítás részletesen elmondja az isthmus kialakulásának folyamatát, amely 12 millió évvel ezelőtt kezdődött és 3 millió évvel ezelőtt ért véget. Megjelenése bolygóléptében megváltoztatta az ökoszisztémákat és az éghajlatot: egyetlen óceán helyett egészen más Atlanti-óceán és Csendes-óceán keletkezett, a Golf-áramlat a feltörekvő Karib-tengerből "indult", és Észak- és Dél-Amerika egyesült először 70 millióban évek. Az állatok aktív vándorlása az isthmus mentén kezdődött, és viszonylag nemrég, 15 000 évvel ezelőtt az első emberek északról délre haladtak ezen az úton.
A 95 millió dollárba került Biomuseo (a még nem kész kiállítási csarnokok költségeit nem számítva) elsősorban iskolásoknak készült (a tervek szerint évente 40 000 hallgatót hoznak oda ingyenes kirándulásokra) és a turisták számára, mivel a tengerjáró hajó terminálja nagyon közel. Ideális esetben a hatóságok a "Bilbao-hatást" várják el a múzeumtól. Tervük szerint Panama-város és Panama-ország azonos szimbólumává kell válnia, amellyel Utson Operaháza Sydney és Ausztrália számára lett.
