Az átépítési projektet a spanyol Cruz y Ortiz támogatta, a kiállítást Jean-Michel Wilmotte tervezte, a helyreállítást a Van Hoogevest Architecten végezte. Az építészek feladata az volt, hogy az eklektika főáramában lévő, 1885-ben Petrus (Pierre) Kuypers által épített terjedelmes épületet a 21. századi múzeum igényeihez igazítsák. A buja enteriőrök elterelték a figyelmet a kiállításokról, nem volt elegendő hely mind a kiállítások, mind a kísérő program számára, lehetetlen volt az állandó kiállítást egyetlen rendszer szerint rendezni stb.
Most a 12. és a 20. század összes kiállítását szigorú időrendben, alulról felfelé emeletek szerint rendezik, és az időrendet egy színösszeállítás támasztja alá: a falakon lévő festék felfelé haladva fokozatosan világosodik, majdnem elérve fehér a modern művészet termeiben. Ugyanakkor az összes művet új módon rendezték, a legfontosabb kivételével - Rembrandt "Éjjeli Őrzése" kivételével, amely visszatért korábbi helyére a "Becsület Galériájában", ahol az Arany művei A holland művészet korát mutatják be.
Az építészek a múzeumépítésben már kialakult séma szerint az épület két üvegtetős udvarát elzárták, és az -1 emelet szintjéig mélyítették is, előzőleg eltávolítva az őket foglalkoztató későbbi bővítményeket. Aztán az egyik udvar alá egy előadótermet, a másik alá egy múzeumi boltot és egy kávézót helyeztek el. Maguk az udvarok tágas nyilvános terekké váltak, ahová jegy megvásárlása nélkül is be lehet jutni. Falaik alkotják a múzeum udvari homlokzatát, az új felületek világos színű kővel vannak szemben. Antonio Cruz és Antonio Ortiz figyelembe vette Norman Foster hibáját, akinek a British Museum udvarán minden hang jól hallható, sőt visszhangzik is, így a Rijksmuseumban a zajokat fehér rácsok tompítják, a mennyezetre hangelnyelő anyaggal..
De az építészek fő problémája a két udvar egyetlen egésszé egyesítése volt. A történelmi épületnek van egy gyalogos és kerékpáros folyosója a homlokzat közepén, amely lehetővé teszi a gyors áthaladást az épületen. Az újjáépítési terv azt tervezte, hogy a múzeum főbejáratává tegye, egyesítve mindkét udvart, de a városlakók fellázadtak, és most a folyosó megmaradt eredeti formájában, a múzeumba négy kis bejáraton keresztül lehet bejutni, és földalatti átjárót fektettek le. alatta, összekötve az udvarokat egymással.
A múzeumot 2003-ban bezárták újjáépítés céljából, és már 2008-ban megnyílt. A 10 éves munkaidő azzal magyarázható, hogy titán erőfeszítéseket kellett tenni amszterdami vízszintes talaj alatti földszintek megépítésére ilyen komplex projektre nem volt vállalkozó. Az Arcadis mérnökei az épület új földalatti részeit szerkezetileg függetlenné tették a történelmi struktúrától, mivel az lassan alábbhagy. Ezért a földszinti folyosót és az udvarok közötti földalatti átjáró felett elhelyezkedő "Becsület Galériát" most egy "híddá" alakították, amely fölötte lógott. Az ásott gödröket azonnal megtöltötték vízzel, ezért a víz alatti munkákhoz speciális betonnal öntötték őket, és a folyamatot búvárok irányították.
A projekt költségvetése 375 millió euró volt, de magában foglalja a tó közepén elhelyezett külön ázsiai művészeti pavilon építését, a park szoborkerthöz való alkalmazkodását a Copijn Landschapsarchitecten projekt keretében (14 500 m2)., egy szolgáltató bejárati épület építése, a történelmi Rajziskola (Teekenschool) múzeumi oktatási központként történő rekonstrukciója, valamint a Rijksmuseum közelében található múzeumi műhelyek építése egyesült egy másik Kuypers épületével - a volt Intézet Munkahelyi biztonság és egészségvédelem.
De a múzeum felújítása még nem fejeződött be: az rekonstrukció idejére nyitva maradt
a Philips szárny mostantól modern ideiglenes kiállítási területté válik. A projekt szerzői szintén Cruz y Ortiz.
