Az épület a szikla tövében található, amelyen az Akropolisz található. A helyszín sajátosságai miatt a keleti-nyugati tengely mentén helyezkedik el, de a teljes felső, harmadik emeletet elfoglalva a Parthenon Galéria az épület fő térfogatához képest élesen ki van építve, és észak felé néz. Ez nemcsak lehetővé tette a forró éghajlaton a túlmelegedés problémájának részbeni megoldását, hanem vizuálisan összekapcsolta a csarnokot a nagy templom homlokzatát egykor díszítő szobrokkal, magával a múzeumtól kevesebb mint 300 méterre található Parthenonnal. A megoldás dinamikus hatása energiával tölti fel az épületet; ebben láthatunk egy bizonyos szimbolikus jelentést: úgy tűnik, hogy az Akropolisz felé fordul, a múlt felé, amely megfelel a görög kormány által az új épületben megfogalmazott politikai üzenetnek: fordítsuk vissza az órát, és hozzuk vissza az emlékművet eredeti állapot (vagy legalábbis az összes részét hozza össze Londonban, Párizsban, Palermóban, Rómában).
Az ilyen retorika befolyásolhatta az építészeti projektet: a Chumi-változat 2001-es versenyen elért győzelme után is sok támogatója volt a múzeum épületének neoklasszikus kialakításának Görögországban. Az üveg, a beton és a márvány nagyon diszkrét mennyisége azonban sokkal diszkrétebb hátteret nyújt az archaikus korból a római időkig tartó szobrok gyűjteményének, mint valamiféle "historizáló" szerkezet.
Tekintettel arra, hogy az épület alatt ókori városnegyed maradványait találták, úgy döntöttek, hogy 100 db "csuklóval" ellátott betontartón a föld fölé emelik, aminek egy esetleges földrengés esetén mérsékelnie kell a rezgést; első pillantásra véletlenszerűen vannak elrendezve, de a valóságban - hogy ne károsítsák a régészeti leleteket. Az ősi házak alapjai a múzeum földszintjének nyílásain és üvegezett területein keresztül láthatók, ahol az ideiglenes kiállítások előszobája és termei találhatók. Innen a látogató felmegy a második emeletre, ahol a Parthenon-szobrok kivételével az összes kiállítást kiállítják, és van egy nyitott terasz is egy kávézóval. A "Parthenon Galéria" harmadik emelete egy téglalap alakú üvegezett tér, amelynek közepén egy beton térfogat található, megismételve a templom cella méretét. Eredeti részekből és szereplőgárdákból készítették el újra a híres frigyet a panathenaici felvonulással.
A múzeumban a "művészeti templom" komoly légköre a várható hatalmas látogatószám ellenére is folytatódik: a zajt elnyeli a betonfalakban kialakított számos kör alakú lyuk. A dekoráció hiánya mellett a jelek és a címkék számát a szükséges minimumra csökkentették: semmi sem vonhatja el a figyelmet a kiállításokról. Egy átgondolt útvonal megkönnyíti a gyűjtemény ellenőrzését: az épület alatti régészeti feltárásoktól a második emeleten található archaikus szoborig, majd a harmadik parthenoni galériáig, majd a hellenisztikus és Római korszakok.
