A múzeumkomplexum a 20. század elejének rekonstruált erőműve, neoklasszikus stukkódíszű téglaépítmény, amelybe a Libeskindre jellemző kristályformák ágyazódnak. Kívülről köbös és hosszúkás kék rozsdamentes acél köteteket olvashatnak az épület padlóiból. A héber ábécé két betűjében vannak - "kalap" és "jód", amelyek együtt alkotják a Libeskind L'Chaim projektjének mottóját, ami "életre" jelent. Ezek azonban csak akkor olvashatók, ha felülről nézzük az épületet, amely a múzeum átlagos látogatója számára nem elérhető.
A múzeum előcsarnokában a bejárattal szemközti fal kiemelt domborzati vonalakkal van körülvéve, amelyek a "pardes" szót alkotják, vagyis "az Édenkertet", és a Tóra megértésének négy szintjét is szimbolizálják. De a projekt ezen elemét is nehezen érzékelik az előcsarnok éles kanyarulatai miatt.
A fő - a komplexum első szintjén - egy előadóterem (amelynek mennyezetén a Szentföld térképe van elvont módon ábrázolva), oktatási központ és galériák találhatók. A második emeleten adminisztratív helyiségek, valamint egy azonos nevű kiállítóterem található, amelyet a "jód" betű hatalmas kockájába írtak és megvilágítottak 36 sokszögű ablakon.
Maga Libeskind hangsúlyozza a San Francisco-i épület és az Óvilág zsidó múzeumai közötti különbséget: a kaliforniai épület nem rendelkezik a holokauszt-katasztrófa pecsétjével, amely szükségszerűen jelen van európai projektjeiben. Mindazonáltal a Libeskind építészetének nyelve változatlan maradt: azoknak az éles, megtört vonalaknak, amelyek korábban a történelmi tragédiát szimbolizálták, most egy csendes-óceáni partvidéken virágzó zsidó diaszpóra "égboltjait" kell képviselniük.
