Az épületet egy spanyol gyarmati stílusú múzeumkomplexum helyén építették, amelyet az 1989-es földrengés elpusztított. A Jacques Herzogra és Pierre de Meuronra jellemző elegáns formák és eredeti anyaghasználat aktív ellenállást váltott ki a város konzervatív hatóságai részéről, de a múzeumigazgatás kitartása ennek ellenére lehetővé tette a projekt megvalósítását.
A szerkezet teljesen rézzel van bevonva (összesen 7602 különböző formájú panelt használtak), és ez a legnagyobb, ezzel a fémmel borított épület a világon.
A projekt fő eleme egy ívelt torony, amely a Golden Gate Park fák teteje fölé emelkedik, ahol a múzeum található. Kilátást nyújt a városra, és összeköti az épületet San Franciscóval is: a torony mérete lehetővé tette, hogy a városi táj észrevehető elemévé váljon.
A téglalap alaprajzú fő kötetet páfrányokkal beültetett kis udvarok vágják. Üvegfalak tették ezeket a kerteket a múzeum belső részévé.
Különös figyelmet fordítottak az építészekre, hogy hangsúlyozzák a tér folyamatos áramlását: a múzeum bejáratát egy nyitott udvar köti össze egy nagy előcsarnokkal, onnan széles lépcső vezet a második emelet termeibe. Ezt elősegítik a kiállítótermek ívelt alaprajzai is. A múzeum belső terét eukaliptuszfa díszíti.
A teljes projekt költsége 190 millió dollár volt, amelyet magánszemélyek gyűjtöttek össze, annak ellenére, hogy mind a gyűjtemény (afrikai, óceániai, mezoamerikai művészet), mind maga a múzeum a városé.
